Op 19 november 1977 verlaat de 13-jarige Megumi Yokota om 18.00 uur haar school in Niigata, een kuststad in Japan, om nooit meer thuis te komen. Megumi wordt ontvoerd door Noord-Koreaanse geheim agenten om Japans te onderwijzen aan spionnen in opleiding, maar haar ouders komen daar pas twee decennia later achter. Een hereniging lijkt nabij, maar vervolgens krijgen de ouders te horen dat Megumi is overleden, zonder dat hiervoor overtuigend bewijs wordt geleverd. Zij kunnen en willen haar dood niet accepteren. Ze geloven sterk dat ze nog leeft en blijven tot op de dag van vandaag zoeken, in de hoop hun dochter uiteindelijk veilig thuis te brengen.

MEGUMI is een poëtisch en aangrijpend verslag van tragisch verlies en de kracht van hoop. De film richt zich op het persoonlijke verlies, de hoop en het verlangen van haar familie en degenen die dicht bij Megumi stonden, die allemaal geduldig wachten op haar terugkeer. Hartverscheurende interviews met de ouders van Megumi Yokota, haar tweelingbroers en haar voormalige schooldirecteur worden gecombineerd met associatieve, poëtische fictiescènes met een 13-jarige Japanse actrice in de rol van Megumi Yokota en een 40-jarige Nederlandse actrice.

MEGUMI is geen reconstructie van de tragische gebeurtenis, maar een film over het universele gevoel van rouw dat ouders ervaren wanneer zij hun kind verliezen. De film is opgenomen vanuit het perspectief van de filmmaker, die zo betrokken raakt dat ook zij begint te geloven, net als Megumi’s ouders, dat Megumi daadwerkelijk nog leeft.